Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Nezavisnog operatora sistema u Bosni i Hercegovini s opisom radnih mjesta uređuje se organizacija, te utvrđuju nazivi radnih mjesta, smjer i stepen stručne spreme, radno iskustvo i drugi posebni uslovi za sklapanje ugovora o radu u Nezavisnom operatoru sistema u Bosni i Hercegovini, sastav i djelokrug organizacionih cjelina NOSBiH-a te organizaciona shema NOSBiH-a.
Prema vrsti i srodnosti poslova, mogućnosti zaokruživanja procesa rada i obima optimalnih rezultata rada u sklopu NOSBiH-a uspostavljene su sljedeće organizacione cjeline:
Unutrašnja organizacija NOSBiH-a određena je općom shemom upravljanja i rukovođenja NOSBiH-om, shemom organizacionih cjelina, te organizacionih jedinica/sektora kao dijelova NOSBiH-a, odredbama Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta NOSBiH-a.